Atomsk
Le couteau suisse pour les simulations atomiques
Le couteau suisse pour les simulations atomiques
Ce tutoriel explique comment couper des plans atomiques.
▶ Pour plus d'information, référez-vous à la page de documentation correspondante.
Pour cet exemple, commençons par créer une super-cellule de diamant avec une orientation cristallographique spécifique, comme expliqué dans un tutoriel précédent :
atomsk --create diamond 5.431 Si -duplicate 10 10 10 Si_supercell.cfg
La visualisation avec Atomeye devrait donner quelque chose comme cela :
L'option "-cut" permet de couper un plan au-dessus ou en-dessous d'une direction donnée. Cette option requiert le mot-clé "above" (au-dessus) ou "below" (en-dessous), la distance entre l'origine cartésienne et le plan, et l'axe cartésien normal au plan :
atomsk Si_supercell.cfg -cut above 30 x Si_cut.cfg
Si vous visualisez le nouveau système avec Atomeye, vous verrez qu'il a été coupé, c'est-à-dire que tous les atomes dont la coordonnée X est plus grande que 30 Å ont été supprimés :
Notez que 30 Å est la distance entre l'origine de la boîte (0,0,0) (qui est aussi l'origine des coordonnées cartésiennes) et le plan utilisé pour couper le système.
Si vous remplacez "above" par "below", c'est-à-dire si vous utilisez "-cut below 30 x", alors ce sont les atomes dont la coordonnée X est inférieure à 30 Å qui sont supprimés.
Bien entendu, avec cette méthode il est aussi possible de supprimer des atomes au-dessus ou en-dessous d'un plan normal à l'axe cartésien Y ou Z.
L'option "-cut" accepte aussi une direction cristalline, définie par ses indices de Miller. Par exemple, si vous souhaitez supprimer tous les atomes situés au-delà de 40 Å le long de la direction [111], utilisez :
atomsk Si_supercell.cfg -cut above 40 [111] Si_cut.cfg
La visualisation avec Atomeye montre que le système a effectivement été coupé, et un plan (111) est apparent :
Pour vous exercer, vous pouvez couper le système suivant différentes directions cristallines.
Notez que les indices de Miller nécessitent que l'orientation cristalline ait été définie.
Comme beaucoup d'autres options, si l'option "-cut" est utilisée après l'option "-select", alors elle ne s'applique qu'aux atomes sélectionnés.
atomsk Si_supercell.cfg -select above box-5 y -cut above 30 x Si_cut.cfg
Cette commande demande à Atomsk de sélectionner les atomes qui sont à moins de 5 Å du bord de la boîte suivant Y, puis coupe les atomes dont la coordonnée X est plus grande que 30 Å. Cette dernière option ne s'applique qu'aux atomes qui ont été sélectionnés juste avant, ce qui résulte dans la formation d'une marche en surface :
