Atomsk
Le couteau suisse pour les simulations atomiques
Le couteau suisse pour les simulations atomiques
Atomsk n'est pas seul ! Beaucoup d'autres outils sont disponibles. Ci-dessous se trouve une liste d'autres programmes qui permettent de créer, transformer, visualiser, et/ou convertir des fichiers de positions atomiques.
OpenBabel
Open Babel est une boîte à outils conçue pour parler les nombreux langages de données chimiques. C'est un projet ouvert et collaboratif permettant à chacun de rechercher, convertir, analyser, ou enregistrer des données de modélisation moléculaire, de chimie, de physique des matériaux, de biochimie, et d'autres domaines.
Pymatgen
Pymatgen (Python Materials Genomics) est une bibliothèque robuste et Open Source, écrite en Python, pour convertir et analyser des fichiers de données atomiques.
Aten
Aten est un outil pour créer, éditer, et visualiser des coordonnées atomiques.
AtomMan
AtomMan: the Atomistic Manipulation Toolkit est une bibliothèque Python pour interagir avec les systèmes atomiques à grande échelle. Son but est de faciliter la conception de systèmes atomiques et de simulations qui soient pleinement documentées et facilement adaptables à d'autres potentiels, arrangements atomiques, etc.
ASE (Atomic Simulation Environment)
ASE fournit des modules Python pour manipuler des atomes, analyser des simulations, visualiser, etc.
Avogadro
Avogadro est un outil avancé d'édition et de visualisation de molécules, multi-plateformes et conçu pour être utilisé en chimie, modélisation moléculaire, bio-informatique, science des matériaux, et thématiques associées.
Babel
Un programme Fortran pour insérer des dislocations pour des simulations à l'échelle atomique, calculer leur énergie, extraire leur tenseur de Nye, et bien plus encore...
CIF2CELL
CIF2Cell est un outil pour générer des configurations atomiques pour divers codes de calcul de structure électronique à partir de fichiers CIF (Crystallographic Information Framework).
Moltemplate
Moltemplate est un constructeur moléculaire en mode texte multi-plateformes pour LAMMPS. Il est typiquement utilisé pour construire des modèles moléculaires ou granulaires.
nanoSCULPT
NanoSCULPT est un outil et une méthodologie pour générer des structures complexes et réalistes pour les simulations à l'échelle atomique.
Packmol
Packmol crée un point de départ pour les simulations en dynamique moléculaire en compactant les molécules dans des régions définies de l'espace. Ce compactage garantit que les interactions répulsives à courte distance n'empêchent de démarrer la simulation.
Pizza.py Toolkit
Pizza.py est un ensemble d'outils permettant la préparation et l'analyse de données pour les programmes LAMMPS, ChemCell, et SPPARKS.
TopoTools
TopoTools est un plugin de VMD pour manipuler des informations topologiques.
AtomEye
AtomEye permet de visualiser des configurations atomiques.
ddplot
Ddplot représente les dislocations dans les cristaux grâce à la méthode des cartes de déplacements relatifs.
gdis
GDIS est un programme de visualisation scientifique pour l'affichage, la manipulation, et l'analyse de molécules isolées et de structures périodiques.
Jmol
Jmol est un outil de visualisation de molécules gratuit, open source pour les étudiants, les éducateurs et les chercheurs en chimie et en biochimie.
Open RasMol
Open RasMol est un programme de visualisation moléculaire conçu pour la visualisation de protéines, acides nucléiques et petites molécules.
OVITO (Open VIsualization TOol)
OVITO est un logiciel scientifique de visualisation et d'analyse de données de simulations atomistiques.
VESTA (Visualization for Electronic and STructure Analysis)
VESTA est un programme de visualisation en 3D de modèles structuraux, de données volumétriques telles que les densités électroniques/nucléaires, et la morphologie des cristaux.
VMD (Visual Molecular Dynamics)
VMD est un programme de visualisation, d'animation, et d'analyse de grandes molécules biologiques.
XCrySDen (X-window CRYstalline Structures and DENsities)
XCrySDen est un programme de visualisation de structures cristallines et moléculaires, spécialisé dans l'affichage d'isosurfaces et contours, qui peuvent être superposés sur la structure crystallines.
XMol
XMol est un utilitaire pour créer et visualiser des molécules.
