Atomsk
Il coltellino svizzero delle simulazioni atomiche
Il coltellino svizzero delle simulazioni atomiche
Atomsk non è solo! Esistono molti strumenti molto utili là fuori. Di seguito è riportato un elenco di altri codici che possono creare, trasformare, visualizzare e/o convertire file per sistemi atomici.
OpenBabel
Open Babel è una cassetta degli attrezzi chimica progettata per parlare le molte lingue dei dati chimici. È un progetto aperto e collaborativo che consente a chiunque di cercare, convertire, analizzare o archiviare dati da modellazione molecolare, chimica, materiali a stato solido, biochimica o aree correlate.
Pymatgen
Pymatgen (Python Materials Genomics) è una robusta libreria Python open source per l'analisi dei materiali.
Aten
Aten è uno strumento per creare, modificare e visualizzare le coordinate.
AtomMan
AtomMan: Atomistic Manipulation Toolkit è una libreria Python per l'interazione con sistemi atomici su larga scala. L'obiettivo del pacchetto è quello di facilitare la rapida progettazione e lo sviluppo di simulazioni che siano completamente documentate e facilmente adattabili a nuovi potenziali/organizzazioni atomiche/ecc.
ASE (Atomic Simulation Environment)
ASE fornisce moduli Python per la manipolazione di atomi, l'analisi di simulazioni, la visualizzazione, ecc.
Avogadro
Avogadro è un editor e visualizzatore di molecole avanzato progettato per l'uso multipiattaforma in chimica computazionale, modellazione molecolare, bioinformatica, scienza dei materiali e aree correlate.
Babel
Un programma in Fortran per inserire la dislocazione nelle simulazioni atomistiche, calcolarne l'energia elastica, estrarre i tensori di Nye e molto altro...
CIF2CELL
CIF2Cell è uno strumento per generare l'impostazione geometrica per vari codici di strutture elettroniche da un file CIF (Crystallographic Information Framework).
Moltemplate
Moltemplate è un costruttore di molecole multipiattaforma basato su testo per LAMMPS. Viene tipicamente utilizzato per la costruzione di modelli molecolari giocattolo a grana grossa.
nanoSCULPT
NanoSCULPT è uno strumento/metodo per generare strutture complesse e realistiche per simulazioni atomistiche.
Packmol
Packmol crea un punto iniziale per le simulazioni di dinamica molecolare impacchettando le molecole in regioni definite dello spazio. L'imballaggio garantisce che le interazioni repulsive a corto raggio non interrompano le simulazioni.
Pizza.py Toolkit
Pizza.py è una raccolta di strumenti vagamente integrata, molti dei quali forniscono funzionalità di pre e post-elaborazione per la dinamica molecolare LAMMPS, la modellazione cellulare ChemCell e i pacchetti Monte Carlo cinetico SPPARKS.
TopoTools
TopoTools è un plug-in VMD per la manipolazione delle informazioni sulla topologia.
AtomEye
AtomEye è un visualizzatore di configurazioni atomistiche.
ddplot
Ddplot visualizza le dislocazioni nei cristalli utilizzando le cosiddette mappe di spostamento differenziale.
gdis
GDIS è un programma di visualizzazione scientifica per la visualizzazione, la manipolazione e l'analisi di molecole isolate e strutture periodiche.
Jmol
Jmol è un visualizzatore di molecole open source gratuito per studenti, educatori e ricercatori in chimica e biochimica.
Open RasMol
Open RasMol è un programma di grafica molecolare destinato alla visualizzazione di proteine, acidi nucleici e piccole molecole.
OVITO (Open VIsualization TOol)
OVITO è un software di visualizzazione e analisi scientifica per dati di simulazione atomistica.
VESTA (Visualization for Electronic and STructure Analysis)
VESTA è un programma di visualizzazione 3D per modelli strutturali, dati volumetrici come densità elettroni/nucleari e morfologie cristalline.
VMD (Visual Molecular Dynamics)
VMD è un programma di visualizzazione molecolare per la visualizzazione, l'animazione e l'analisi di grandi sistemi biomolecolari utilizzando la grafica 3D e lo scripting integrato.
XCrySDen (X-window CRYstalline Structures and DENsities)
XCrySDen è un programma di visualizzazione di strutture cristalline e molecolari che mira alla visualizzazione di isosuperfici e contorni, che possono essere sovrapposti a strutture cristalline e ruotati e manipolati in modo interattivo.
XMol
XMol è un'utilità per la creazione e la visualizzazione di immagini grafiche di molecole.
