Atomsk
La navaja suiza de las simulaciones atómicas
La navaja suiza de las simulaciones atómicas
¡Atomsk no está solo! Existen muchas herramientas muy útiles. A continuación se muestra una lista de otros códigos que pueden crear, transformar, visualizar y/o convertir archivos para sistemas atómicos.
OpenBabel
Open Babel es una caja de herramientas química diseñada para hablar los muchos idiomas de los datos químicos. Es un proyecto colaborativo abierto que permite a cualquier persona buscar, convertir, analizar o almacenar datos de modelado molecular, química, materiales de estado sólido, bioquímica o áreas relacionadas.
Pymatgen
Pymatgen (Python Materials Genomics) es una biblioteca de Python sólida y de código abierto para el análisis de materiales.
Aten
Aten es una herramienta para crear, editar y visualizar coordenadas.
AtomMan
AtomMan: the Atomistic Manipulation Toolkit es una biblioteca de Python para interactuar con sistemas atómicos a gran escala. El enfoque del paquete es facilitar el rápido diseño y desarrollo de simulaciones que estén completamente documentadas y que se adapten fácilmente a nuevos potenciales/arreglos atómicos, etc.
ASE (Atomic Simulation Environment)
ASE proporciona módulos de Python para manipular átomos, analizar simulaciones, visualización, etc.
Avogadro
Avogadro es un editor y visualizador de moléculas avanzado diseñado para uso multiplataforma en química computacional, modelado molecular, bioinformática, ciencia de materiales y áreas relacionadas.
Babel
Un programa Fortran para insertar dislocaciones en simulaciones atomísticas, calcular su energía elástica, extraer los tensores Nye, y mucho más...
CIF2CELL
CIF2Cell es una herramienta para generar la configuración geométrica de varios códigos de estructura electrónica a partir de un archivo CIF (Crystallographic Information Framework).
Moltemplate
Moltemplate es un generador de moléculas basado en texto multiplataforma para LAMMPS. Por lo general, se usa para construir modelos moleculares de juguetes de grano grueso.
nanoSCULPT
NanoSCULPT es una herramienta/metodología para generar estructuras complejas y realistas para simulaciones atomísticas.
Packmol
Packmol crea un punto inicial para simulaciones de dinámica molecular empaquetando moléculas en regiones definidas del espacio. El empaquetamiento garantiza que las interacciones repulsivas de corto alcance no interrumpan las simulaciones.
Pizza.py Toolkit
Pizza.py es una colección de herramientas poco integrada, muchas de las cuales brindan capacidad de procesamiento previo y posterior para los paquetes de dinámica molecular LAMMPS, modelado de células ChemCell y cinético Monte Carlo SPPARKS.
TopoTools
TopoTools es un complemento de VMD para manipular información de topología.
AtomEye
AtomEye es un visor de configuración atomística.
ddplot
Ddplot visualiza dislocaciones en cristales usando los llamados mapas de desplazamiento diferencial.
gdis
GDIS es un programa de visualización científica para la visualización, manipulación y análisis de moléculas aisladas y estructuras periódicas.
Jmol
Jmol es un visor de moléculas gratuito y de código abierto para estudiantes, educadores e investigadores en química y bioquímica.
Open RasMol
Open RasMol es un programa de gráficos moleculares destinado a la visualización de proteínas, ácidos nucleicos y moléculas pequeñas.
OVITO (Open VIsualization TOol)
OVITO es un software de visualización y análisis científico para datos de simulación atomística.
VESTA (Visualization for Electronic and STructure Analysis)
VESTA es un programa de visualización en 3D para modelos estructurales, datos volumétricos como densidades electrónicas/nucleares y morfologías cristalinas.
VMD (Visual Molecular Dynamics)
VMD es un programa de visualización molecular para mostrar, animar y analizar grandes sistemas biomoleculares utilizando gráficos en 3D y secuencias de comandos integradas.
XCrySDen (X-window CRYstalline Structures and DENsities)
XCrySDen es un programa de visualización de estructuras cristalinas y moleculares que tiene como objetivo la visualización de isosuperficies y contornos, que se pueden superponer a estructuras cristalinas y rotar y manipular de forma interactiva.
XMol
XMol es una utilidad para crear y visualizar imágenes gráficas de moléculas.
