-shift <τX> <τY> <τZ>
-shift <above|below> <d> <normale> <τX> <τY> <τZ>
Cette option permet de translater tout ou partie du système d'un vecteur τ.
Si seules les composantes du vecteur τ sont données, alors tous les atomes sont translatés (ou les atomes sélectionnés, voir ci-dessous).
Sinon, tous les atomes situés au-dessus (ou en-dessous) du plan donné seront translatés du vecteur spécifié. Les paramètres associés à cette commande sont :
La distance <d> et les composantes τX, τY, τZ sont généralement données en Å. Il est également possible de spécifier une distance relative aux dimensions de la boîte avec le mot-clé BOX et une opération (voir cette page).
La direction <normale> au plan peut être 'x', 'y', 'z' (axes cartésiens), ou une direction cristallographique définie par ses indices de Miller [hkl], ou [hkil] pour les systèmes hexagonaux (voir comment spécifier les indices de Miller). Si l'orientation crystallograpĥique du système est définie (par exemple grâce à l'option -properties) alors les indices de Miller se réfèrent à cette orientation. Sinon il est supposé que l'orientation est X=[100], Y=[010], Z=[001].
Notez qu'après avoir été translatés certains atomes peuvent se retrouver hors de la boîte. Pour les replacer dans la boîte il est possible d'utiliser l'option -wrap.
Si certains atomes ont des coquilles (dans le cadre d'un modèle ionique cœur-coquille), alors les cœurs et coquilles sont translatées du même vecteur.
Si une sélection est définie (avec l'option -select) alors seuls les atomes sélectionnés seront translatés.
Par défaut aucune translation n'est appliquée.
atomsk initial.cfg -shift 1.5 2.0 0.6 final.xyz
Ceci va lire le fichier initial.cfg et translater tous les atomes de 1.5 Å suivant X, 2 Å suivant Y, et 0.6 Å suivant Z. Le résultat final sera écrit dans final.xyz.
atomsk initial.cfg -shift above 12 z 0.2 0.6 0.0 final.xyz
Ceci va lire le fichier initial.cfg et translater les atomes situés au-dessus de Z=12 Å d'un vecteur (0.2,0.6,0). Le résultat final sera écrit dans final.xyz.
atomsk initial.cfg -shift above 0.5*BOX z 0.2*BOX 0.6*BOX 0.0 final.xyz
Ceci lira le fichier initial.cfg et translatera les atomes situés dans la moitié haute de la boîte suivant Z de 0.2 fois la longueur de la boîte suivant X, et de 0.6 fois la largeur de la boîte suivant Y (aucun déplacement suivant Z). Le résultat sera écrit dans final.xyz.
atomsk initial.cfg -shift below 3.2 x 0 0 -0.5 final.xyz
Ceci translatera les atomes ayant une coordonnée X<3.2 Å de -0.5 Å suivant Z (pas de translation dans les autres directions).
atomsk initial.cfg -shift above 10 [2-11] 0 0 -0.5 final.xyz
Ceci translatera les atomes situés à une distance de l'origine supérieure à 10 Å suivant la direction [211] de -0.5 Å suivant Z (pas de translation dans les autres directions).
Vous pouvez regarder les scripts fournis avec le programme dans le dossier "examples". Le dossier "SrTiO3_gamma_surface" contient un scipt bash qui construit différents systèmes pour calculer la γ-surface (1-10) du titanate de strontium.