Dans plusieurs options de Atomsk, il est possible de définir une position en angströms ou avec un mot-clé.
Les mots-clés -INF et INF peuvent être utilisés pour définir une position à -∞ et +∞ respectivement. Par exemple, utiliser l'option -select comme suit:
-select in box -INF 0 50 INF 150 200
permet d'inclure tous les atomes dont les coordonnées sont dans les intervalles X=[-∞;+∞], Y=[0;150], Z=[50;200].
Le mot-clé BOX peut être utilisé pour donner une coordonnée par rapport aux dimensions de la boîte. Ce mot-clé est remplacé par la longueur de la boîte encadrant le système, i.e. si la boîte est définie par les trois vecteurs H1, H2 and H3:
H1 = [ H(1,1) H(1,2) H(1,3) ]
H2 = [ H(2,1) H(2,2) H(2,3) ]
H3 = [ H(3,1) H(3,2) H(3,3) ]
alors suivant les coordonnées cartésiennes X, Y, Z le mot-clé BOX sera remplacé par:
BOX = H(1,1) + H(2,1) + H(3,1) suivant X
BOX = H(1,2) + H(2,2) + H(3,2) suivant Y
BOX = H(1,3) + H(2,3) + H(3,3) suivant Z
Si la boîte est orthogonale ceci se réduit simplement à BOX=H(1,1) suivant X, BOX=H(2,2) suivant Y et BOX=H(3,3) suivant Z.
Les opérations de multiplication et division avec le mot-clé BOX sont équivalentes aux coordonnées réduites. Par exemple dans l'option suivante:
-select in sphere BOX/2 0.2*BOX 0.7*BOX 30.0
la position de la boîte est équivalente aux coordonnées réduites (1/2 0.2 0.7).
Les opérations d'addition et de soustraction permettent de donner des distances par rapport à la longueur maximale de la boîte suivant cette direction. Par exemple l'option suivante :
-select out box 10 10 10 BOX-10 BOX-10 BOX-10
sélectionnera tous les atomes situés à moins de 10 Å d'un bord de la boîte. Le long de l'axe X, "BOX-10" signifie "max[H(1,1),H(2,1),H(3,1)] - 10". Si la boîte est orthogonale cela se réduit simplement à H(1,1)-10 suivant X, H(2,2)-10 suivant Y, et H(3,3)-10 suivant Z.
Notez qu'une seule opération peut être utilisée avec le mot-clé BOX, il n'est pas possible d'utiliser plusieurs opérations comme "0.4*BOX+2" par exemple.