-reduce-cell <x|y|z|p>
Cette option réduit la taille du système en une boîte plus petite, tout en préservant la périodicité du cristal.
Cette option recherche des paires d'atomes équivalents. Si le vecteur joignant deux atomes équivalents est parallèle à un vecteur de boîte initial mais qu'il est plus court, alors il le remplace. La boîte peut ainsi être raccourcie suivant une, deux, ou les trois directions de l'espace. Ensuite, les atomes se trouvant en dehors de la nouvelle boîte sont supprimés, ainsi que leurs coquilles et leurs propriétés auxiliaires s'ils en avaient.
Notez que cette option préserve l'orientation du cristal, elle tente juste de raccourcir chaque vecteur de boîte si c'est possible. La boîte finale devrait être la plus petite pour cette orientation et ces vecteurs de boîte donnés.
Si cette option est appelée avec le paramètre "x", "y", ou "z", alors la taille de boîte sera réduite uniquement suivant cette direction. En l'absence de paramètre, la taille de boîte est réduite dans toutes les directions.
Si cette option est appelée avec le paramètre "p", alors Atomsk tentera de trouver la maille primitive, c'est-à-dire la plus petite maille possible respectant la périodicité du réseau. Notez que dans ce cas, les vecteurs de boîte finaux ne seront peut-être pas alignés avec les vecteurs initiaux.
Si le système a été tourné et que vous souhaitez obtenir une boîte orthogonale équivalente, alors utilisez l'option -orthogonal-cell avant celle-ci.
Notez que cette option est prévue pour être utilisée sur des systèmes cristallins parfaits. Elle risque de ne pas donner de bons résultats sur des cristaux qui contiennent des défauts, ni sur les systèmes non cristallins ou désordonnés. Aussi, bien que Atomsk tente de réduire la taille de boîte, s'il ne trouve pas de vecteur de boîte plus court, alors la boîte restera telle quelle.
Par défaut Atomsk ne réduit pas les vecteurs de boîte.
atomsk system.cfg -reduce-cell xsf
Ceci va lire le fichier system.cfg et tentera de raccourcir les vecteurs de boîte. Le résultat sera écrit dans system.xsf.
atomsk --create fcc 4.02 Al -duplicate 10 10 10 -reduce-cell final.cfg
Avec cette commande, Atomsk va créer une maille élémentaire d'aluminium cfc, qui contient 4 atomes. Puis, il va la dupliquer dix fois suivant chaque direction, résultant en une super-cellule de 4000 atomes. Puis, l'option "-reduce-cell" va essayer de réduire la taille de ce système en préservant sa périodicité, et elle va trouver que le plus petit système correspondant est la maille élémentaire contenant 4 atomes. Finalement, Atomsk écrira le résultat final dans le fichier "final.cfg".
atomsk initial.cfg -rotate Z 45 -orthogonal-cell -reduce-cell final.cfg
Ceci va tourner le système de 45° autour de l'axe Z, recherchera une boîte orthogonale équivalente, et finalement tentera de réduire la taille de cette boîte. Le résultat sera écrit dans final.cfg.
atomsk initial.cfg -reduce-cell y final.cfg
Cette commande va lire le fichier initial.cfg, et tentera de réduire la taille de boîte suivant Y. Le résultat sera écrit dans final.cfg.
atomsk Al_unitcell.cfg -reduce-cell p Al_primitivecell.cfg
Cette commande va lire le fichier Al_unitcell.cfg, et tenter de trouver la maille primitive. Le résultat sera écrit dans Al_primitivecell.cfg.