-duplicate <Nx> <Ny> <Nz>
Cette option permet de dupliquer un système dans les trois directions de l'espace. Elle peut être utile par ex. pour construire une supercellule à partir d'une cellule élémentaire.
Les vecteurs de translation utilisés pour répéter le système sont ceux lus depuis le fichier d'entrée, notés Hx, Hy et Hz. Les paramètres associés avec cette option sont :
Hx.Hy.Hz.Si toutes les valeurs sont égales à 1 alors le système reste identique (puisqu'il est multiplié par un dans toutes les directions). Toute valeur égale à zéro est automatiquement remplacée par 1, puisqu'une valeur de zéro suivant n'importe quelle dimension revient à ne plus avoir de système. Si une valeur négative est fournie, alors le système est inversé selon cet axe, puis il est dupliqué en direction des coordonnées négatives.
Dans le fichier de sortie, les répliques du système original sont ajoutées à la suite des positions originelles. Pour modifier l'ordre dans lequel les atomes apparaissent il est possible d'employer l'option -sort.
Si les atomes originels possèdent des propriétés auxiliaires, leurs répliques possèderont les mêmes valeurs de ces propriétés.
Si une sélection est définie (avec l'option -select) alors seuls les atomes sélectionnés seront dupliqués. Après la duplication, la sélection restera la même (les répliques des atomes sélectionnés ne seront pas sélectionnées).
Par défaut le système n'est pas dupliqué.
atomsk cellule_elementaire.cfg -duplicate 2 2 4 supercellule.xyz
Ceci lira le fichier cellule_elementaire.cfg, l'étendra pour former une supercellule de taille 2x2x4, et écrira le système final dans supercellule.xyz.
atomsk initial.xyz -dup 6 4 0 final.cfg
Ceci va dupliquer le système six fois suivant X, quatre fois suivant Y, et une fois suivant Z. Notez que le "0" suivant la direction Z a la même signification que "1", c'est-à-dire que le système n'est pas dupliqué mais apparait quand même une fois suivant cette direction.
atomsk initial.cfg -dup -3 1 1 final.cfg
Le système sera dupliqué -3 fois selon X, c'est-à-dire que les coordonnées seront inversées suivant X, puis copiées trois fois dans la direction des X négatifs.