-mirror <d> <normale>
Cette option permet d'appliquer un plan miroir au système.
Le plan miroir est défini comme suit:
La position <d> est généralement donnée en Å. Il est également possible de spécifier une distance relative aux dimensions de la boîte avec le mot-clé BOX et une opération (voir cette page).
La <normale> au plan miroir peut être 'x', 'y', 'z' (axes cartésiens), ou une direction cristallographique définie par ses indices de Miller (voir comment spécifier les indices de Miller). Si l'orientation crystallograpĥique du système est définie (par exemple grâce à l'option -properties) alors les indices de Miller se réfèrent à cette orientation. Sinon il est supposé que l'orientation est X=[100], Y=[010], Z=[001].
Si les forces (fx,fy,fz) ou les vitesses (vx,vy,vz) existent comme propriétés auxiliaires, alors la transformation miroir s'appliquera aussi à ces vecteurs.
Si certains atomes ont des coquilles (dans le cadre d'un modèle ionique cœur-coquille), le miroir leur est aussi appliqué.
Après l'application du miroir, il est possible que certains atomes se trouvent à l'extérieur de la boîte. Il est possible de les remettre dans la boîte par conditions aux limites périodiques grâce à l'option -wrap.
Si une sélection est définie (avec l'option -select) alors seuls les atomes sélectionnés seront transformés.
Par défaut le système n'est pas transformé.
atomsk initial.cfg -mirror 30 x final.xsf
Cette commande va lire le fichier initial.cfg, et y appliquer un miroir placé à 30 Å le long de l'axe cartésien X. Le résultat sera écrit dans le fichier final.xsf.
atomsk initial.cfg -mirror 0.5*box Y final.xyz
Dans ce cas le miroir sera placé à mi-hauteur de la boîte suivant Y.
atomsk initial.cfg -mirror 50 [111] final.xyz
Le plan miroir sera normal à la direction [111] et à une distance de 50 Å de l'origine.