-fix <axe> <above|below> <d> <normale>
Cette option permet de figer la position de certains atomes suivant X, Y et/ou Z.
Les paramètres associés à cette option sont :
La distance <d> est généralement donnée en Å. Il est également possible de spécifier une distance relative aux dimensions de la boîte avec le mot-clé BOX et une opération (voir cette page).
La direction <normale> au plan peut être 'x', 'y', 'z' (axes cartésiens), ou une direction cristallographique définie par ses indices de Miller [hkl], ou [hkil] pour les systèmes hexagonaux (voir comment spécifier les indices de Miller). Si l'orientation crystallograpĥique du système est définie (par exemple grâce à l'option -properties) alors les indices de Miller se réfèrent à cette orientation. Sinon il est supposé que l'orientation est X=[100], Y=[010], Z=[001].
Notez que cette option ne rend pas ces atomes inertes pour Atomsk, elle ne fait que définir l'état (figé ou non) des atomes comme propriétés auxiliaires. Les options de Atomsk ne traitent pas les atomes figés différemment des autres atomes. Ce n'est que lors de l'écriture d'un fichier de sortie que ces atomes seront marqués différemment si le format le permet (voir la liste des formats). Pour restreindre les options de Atomsk à certains atomes il est possible d'utiliser l'option -select.
Cette option peut être utilisée plusieurs fois pour figer les atomes dans différentes directions, ou pour figer des atomes différents (voir l'exemple 2 ci-dessous).
Si certains atomes ont des coquilles (dans le cadre d'un modèle ionique cœur-coquille), seules les positions des cœur sont figées (mais pas les positions des coquilles).
Si une sélection est définie (avec l'option -select) alors seuls les atomes sélectionnés seront fixés.
Par défaut aucun atome n'est figé.
atomsk initial.xsf -fix y final.gin
Ceci lira le fichier initial.xsf, et figera la composante Y de tous les atomes. Le résultat sera écrit dans le fichier final.gin.
atomsk systeme.xsf -select out box 10 BOX-10 10 BOX-10 10 BOX-10 -fix all lammps
Ceci va lire le fichier systeme.xsf, selectionner les atomes qui sont situés à moins de 10 Å d'une bordure de la boîte, et figera ces atomes (suivant les trois directions X, Y et Z). Le résultat final sera écrit dans le fichier systeme.lmp.
atomsk system.xsf -fix x above 5 z gin
Ceci lira system.xsf, et figera la composante X de tous les atomes situés au-dessus de 5 Å suivant Z. Le résultat sera écrit dans system.gin.
atomsk initial.xsf -fix x below 2.4 z -fix y below 2.4 z final.gin
Ceci fixera les composantes X et Y des atomes situés en-dessous de 2.4 Å suivant Z.
atomsk initial.xsf -fix all below 0.2*BOX z -fix all above 0.8*BOX z final.gin
Ceci figera complètement les atomes situés en-dessous de 0.2 fois la hauteur de boîte suivant Z, ou au-dessus de 0.8 fois cette hauteur.