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Mode : polarisation électronique

Syntaxe

atomsk --electronic-polarization <fichier> [options]

Description

Ce mode calcule la polarisation électronique de chaque ion dans le cadre d'un modèle cœur-coquille. Cette polarisation est définie par le déplacement du nuage électronique (coquille) par rapport au cœur, c-à-d. pour l'ion i :

       Pi = 0.5*(|Qi|+|qi|) (Ri-ri)

où Q_i et R_i sont la charge et la position du cœur, et q_i et r_i sont la charge et la position de la coquille.

Ce mode ne calculera rien si les charges des cœurs et coquilles ne sont pas définies, ou s'il n'y a aucune coquille dans le système. Les charges peuvent être définies par l'option -properties. Par exemple, soit un système fictif comprenant des ions A et B, alors les charges peuvent être écrites dans un fichier texte au format suivant et lues avec l'option -properties:

Si certains ions n'ont pas de coquille ("ions rigides") alors leur polarisation électronique sera égale à zéro.

À la fin du calcul les fichiers suivants sont produits :

• *_PE.cfg: fichier au format CFG contenant les positions des cœur, et les composantes (X,Y,Z) et l'amplitude du vecteur de polarisation comme propriétés auxiliaires.
• *_PE.xsf: fichier au format XSF contenant les positions des cœur et les vecteurs de polarisation ; xCrySDen peut lire un tel fichier et afficher les vecteurs, cependant ces vecteurs sont interprétés comme des forces (et non comme des vecteurs de polarisation), il peut donc être difficile de les visualiser à la bonne échelle.

Notez que quand Atomsk lit un fichier contenant des coquilles, il tente d'associer chaque coquille à son cœur. Si cette association est incorrecte (probablement parce que les cœur et coquilles sont enregistrés dans des ordres différents dans le fichier d'entrée) il est possible de les ré-associer grâce à l'option -bind-shells.

Si ce mode est appelé avec des options alors elles seront appliquées au système avant le calcul de la polarisation électronique.

Exemples

• atomsk --electronic-polarization MgO.xsf

  Ceci ne calculera rien car les charges des cœurs et des coquilles ne sont pas définies.

• mgo.txt

  charge
Mg 1.58 0.42
O 0.513 -2.513


  atomsk -PE MgO.gin -prop mgo.txt

  Ceci lira les positions des cœurs et des coquilles depuis MgO.gin, et leurs charges depuis mgo.txt (les cœurs de Mg auront une charge de 1.58e, les coquilles de Mg 0.42e, les cœurs d'oxygène une charge de 0.513e et les coquilles d'oxygène -2.513e). Puis la polarisation électronique de chaque ion sera calculée.

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