-bind-shells
-bs
Dans le cadre d'un modèle ionique cœur-coquille, chaque ion est décrit par un cœur central (généralement de charge positive) lié à une coquille (shell) imitant le nuage électronique (chargé négativement). Cette option ré-associe les coquilles avec leurs cœurs, afin que chaque coquille soit correctement associée au cœur correspondant.
D'abord, si aucune coquille n'est définie dans le système, alors Atomsk recherche des atomes très proches (<1,5 Å). Si deux atomes se trouvent très proches, alors celui avec la plus grande charge électrique, ou la plus grande masse, ou à défaut le premier qui apparaît dans la liste, est considéré comme le cœur, et l'autre comme sa coquille associée.
Ensuite, si des coquilles existent dans le système, alors il est supposé que les listes des cœurs et coquilles se correspondent. Si la coquille se trouve déjà près du cœur (à moins de 1,5 Å) alors elle est considérée comme déjà associée. En revanche si la coquille se trouve loin du cœur, alors ses images périodiques sont parcourues. Si une image périodique se trouve près du cœur alors la position de la coquille est remplacée par celle de cette image. Ceci peut être utile lorsque des coquilles, mais pas leurs cœurs, ont été translatées d'un ou plusieurs vecteurs de boîte à cause de conditions aux limites périodiques.
Sinon, si aucune image périodique ne semble être associée avec ce cœur, alors cette coquille n'appartient pas à ce cœur, et le reste de la liste des coquilles est parcourue. Si une autre coquille se trouve près du cœur alors elle est associée à ce cœur. Ceci peut être utile après avoir lu un fichier dans lequel les positions des cœurs et des coquilles sont écrits dans des ordres différents.
Enfin, si aucune coquille n'est trouvée près du cœur alors ce cœur n'a aucune coquille.
En appliquant cette option, notez que les indices des coquilles, ainsi que leurs positions, peuvent être modifiés pour qu'elles correspondent à leurs cœurs. Les positions et indices des cœurs ne sont pas changées par cette option.
Par défaut les cœurs et coquilles ne sont pas ré-associés.
atomsk initial.gin -bind-shells final.gin
Ceci lira initial.gin, re-associera les coquilles avec leurs cœurs, et écrira le résultat final dans final.gin.