Atomsk
Das Schweizer Taschenmesser der Atomsimulationen
Das Schweizer Taschenmesser der Atomsimulationen
Atomsk ist nicht allein! Es gibt viele sehr nützliche Tools. Nachfolgend finden Sie eine Liste anderer Codes, die Dateien für atomare Systeme erstellen, transformieren, visualisieren und/oder konvertieren können.
OpenBabel
Open Babel ist eine chemische Toolbox, die darauf ausgelegt ist, die vielen Sprachen chemischer Daten zu sprechen. Es handelt sich um ein offenes, kollaboratives Projekt, das es jedem ermöglicht, Daten aus molekularer Modellierung, Chemie, Festkörpermaterialien, Biochemie oder verwandten Bereichen zu suchen, zu konvertieren, zu analysieren oder zu speichern.
Pymatgen
Pymatgen (Python Materials Genomics) ist eine robuste Open-Source-Python-Bibliothek für die Materialanalyse.
Aten
Aten ist ein Werkzeug zum Erstellen, Bearbeiten und Visualisieren von Koordinaten.
AtomMan
AtomMan: the Atomistic Manipulation Toolkit ist eine Python-Bibliothek für die Interaktion mit großen Atomsystemen. Der Schwerpunkt des Pakets liegt auf der Erleichterung des schnellen Entwurfs und der Entwicklung von Simulationen, die vollständig dokumentiert und leicht an neue Potenziale/atomare Anordnungen usw. anpassbar sind.
ASE (Atomic Simulation Environment)
ASE bietet Python-Module zur Manipulation von Atomen, zur Analyse von Simulationen, zur Visualisierung usw.
Avogadro
Avogadro ist ein fortschrittlicher Moleküleditor und Visualisierer, der für den plattformübergreifenden Einsatz in der Computerchemie, molekularen Modellierung, Bioinformatik, Materialwissenschaft und verwandten Bereichen entwickelt wurde.
Babel
Ein Fortran-Programm zum Einfügen von Versetzungen in atomistische Simulationen, zum Berechnen ihrer elastischen Energie, zum Extrahieren der Nye-Tensoren und vielem mehr...
CIF2CELL
CIF2Cell ist ein Tool zum Generieren des geometrischen Aufbaus für verschiedene elektronische Strukturcodes aus einer CIF-Datei (Crystallographic Information Framework).
Moltemplate
Moltemplate ist ein plattformübergreifender textbasierter Molekül-Builder für LAMMPS. Es wird typischerweise zum Erstellen grobkörniger molekularer Spielzeugmodelle verwendet.
nanoSCULPT
NanoSCULPT ist ein Werkzeug/eine Methode zur Erzeugung komplexer und realistischer Strukturen für atomistische Simulationen.
Packmol
Packmol schafft einen Ausgangspunkt für Molekulardynamiksimulationen, indem es Moleküle in definierte Raumregionen packt. Die Packung gewährleistet, dass abstoßende Wechselwirkungen im Nahbereich die Simulationen nicht stören.
Pizza.py Toolkit
Pizza.py ist eine lose integrierte Sammlung von Werkzeugen, von denen viele Vor- und Nachbearbeitungsfunktionen für die Pakete LAMMPS Molekulardynamik, ChemCell Zellmodellierung und SPPARKS Kinetic Monte Carlo bieten.
PolyPal
PolyPal ist ein Programm zum massiv parallelen Erzeugen einer polykristallinen Struktur im Mikromaßstab.
TopoTools
TopoTools ist ein VMD-Plugin zur Bearbeitung von Topologieinformationen.
AtomEye
AtomEye ist ein atomistischer Konfigurations-Viewer.
ddplot
Ddplot visualisiert Versetzungen in Kristallen mithilfe sogenannter Differential Displacement Maps.
gdis
GDIS ist ein wissenschaftliches Visualisierungsprogramm zur Darstellung, Manipulation und Analyse isolierter Moleküle und periodischer Strukturen.
Jmol
Jmol ist ein kostenloser Open-Source-Molekülbetrachter für Studenten, Pädagogen und Forscher in Chemie und Biochemie.
Open RasMol
Open RasMol ist ein molekulares Grafikprogramm zur Visualisierung von Proteinen, Nukleinsäuren und kleinen Molekülen.
OVITO (Open VIsualization TOol)
OVITO ist eine wissenschaftliche Visualisierungs- und Analysesoftware für atomistische Simulationsdaten.
VESTA (Visualization for Electronic and STructure Analysis)
VESTA ist ein 3D-Visualisierungsprogramm für Strukturmodelle, volumetrische Daten wie Elektronen-/Kerndichten und Kristallmorphologien.
VMD (Visual Molecular Dynamics)
VMD ist ein molekulares Visualisierungsprogramm zum Anzeigen, Animieren und Analysieren großer biomolekularer Systeme mithilfe von 3D-Grafiken und integrierter Skripterstellung.
XCrySDen (X-window CRYstalline Structures and DENsities)
XCrySDen ist ein Visualisierungsprogramm für kristalline und molekulare Strukturen, das auf die Darstellung von Isoflächen und Konturen abzielt, die kristallinen Strukturen überlagert und interaktiv gedreht und manipuliert werden können.
XMol
XMol ist ein Dienstprogramm zum Erstellen und Anzeigen grafischer Bilder von Molekülen.
