atomsk --merge [x|y|z] <N> <fichier1>...<fichierN> <fichiersortie> [<formats>] [options]
Ce mode permet de joindre plusieurs systèmes en un seul, soit en réunissant les atomes des différents systèmes dans la même boîte, soit en juxtaposant les systèmes suivant une direction donnée. Le résultat est écrit dans le <fichiersortie>, aux <formats> donnés.
L'entier <N> indique combien de systèmes seront joints. Il est obligatoire, et doit être suivi du bon nombre de fichiers d'entrée, de <fichier1> à <fichierN>.
La direction [x|y|z] est un paramètre optionnel. S'il est absent, alors tous les systèmes sont ajoutés dans la boîte du premier système (c'est-à-dire le <fichier1>). Autrement dit, le système final est l'union de tous les systèmes. Les vecteurs de la boîte finale sont égaux aux vecteurs de boîte du premier système <fichier1>.
Lorsqu'une direction est donnée, elle doit valoir 'x', 'y' ou 'z'. Dans ce cas, les systèmes sont empilés dans la direction donnée. Dans cette direction, la dimension de la boîte finale est le somme des dimensions de toutes les boîtes ; dans les directions perpendiculaires, la boîte finale a les mêmes dimensions que le premier système <fichier1>. Bien sûr une telle construction n'a de sens que si tous les systèmes ont des dimensions égales (ou similaires). Sinon, le résultat final risque d'être incohérent (par exemple si vous essayez d'empiler des boîtes tricliniques et rectangulaires de géométries et tailles variées).
Attention : Atomsk n'ajuste pas les positions atomiques, et ne trouve pas "automagiquement" les interfaces optimales ni quoi que ce soit de ce genre. Il appartient à l'utilisateur de vérifier les orientations cristallographiques et les géométries de ses systèmes avant de les joindre. Pour rapidement redéfinir les vecteurs de boîte après avoir joint des systèmes il est possible d'utiliser l'option -rebox.
Les propriétés auxiliaires sont conservées lorsque plusieurs systèmes sont joints, c-à-d. que chaque atome conserve les propriétés auxiliaires qui sont définies pour lui. Si une propriété est définie dans certains fichiers mais pas tous, alors cette propriété prendra une valeur de zéro pour les atomes pour lesquels elle n'est pas définie.
Si ce mode est employé avec une ou plusieurs options elles seront appliquées au système final, après avoir joint les systèmes individuels.
atomsk --merge 2 aluminium_bas.cfg fer_haut.xsf interface.xyz xsf
Ceci réunira les atomes des systèmes contenus dans aluminium_bas.cfg et fer_haut.xsf dans la même boîte (la boîte définie dans aluminium_bas.cfg), et écrira le résultat final dans interface.xyz et interface.xsf.
atomsk --merge z 3 un.cfg deux.xsf trois.cfg final.xsf
Ceci empilera les systèmes un.cfg, deux.xsf et trois.cfg suivant l'axe Z, et écrira le résultat dans final.xsf.
atomsk --merge x 4 fichier.cfg fichier.cfg fichier.cfg fichier.cfg final.xsf
Ceci empilera le système fichier.cfg quatre fois suivant l'axe X. Cette opération est équivalent au fait de dupliquer le système quatre fois suivant X (c'est-à-dire "-duplicate 4 1 1").
D'autres exemples se trouvent dans le dossier "examples" fourni avec le programme. Le dossier "Cu_Fe_interface" contient un script bash qui construit une interface entre deux systèmes : du cuivre cfc et du fer cubique centré.