Nom : fichier BOPfox
Extension : .bx
Spécification : documentation de BOPfox
Programmes de visualisation : none
BOPfox est un programme conçu pour les calculs de liaisons fortes et de potentiels d'ordre de liaison. Lorsqu'il lit un fichier au format BOPfox, Atomsk détecte si des mots-clés (T ou F) sont présents en fin de ligne pour indiquer si les atomes sont figés suivant les directions X, Y, et/ou Z, et les enregistre en tant que propriétés auxiliaires. Si une section "magnetisation" existe, alors son contenu sera aussi enregistré comme propriétés auxiliaires. Notez que ces propriétés ne sont transférables que vers certains formats de fichiers (référez-vous à la liste des formats supportés).
Lors de l'écriture d'un fichier au format BOPfox, Atomsk utilise le modèle suivant :
exemple.bx
aLat = 1.0
a1 = <H(1,1)> <H(1,2)> <H(1,3)>
a2 = <H(2,1)> <H(2,2)> <H(2,3)>
a3 = <H(3,1)> <H(3,2)> <H(3,3)>
# Natoms = <NP>
coord = Cartesian
<species1> <x1> <y1> <z1> [<F|T> <F|T> <F|T>]
<species2> <x2> <y2> <z2> [<F|T> <F|T> <F|T>]
...
<speciesNP> <xNP> <yNP> <zNP> [<F|T> <F|T> <F|T>]
magnetisation = true
<µx1> <µy1> <µz1>
<µx2> <µy2> <µz2>
...
<µxNP> <µyNP> <µzNP>
Le paramètre de maille (après le mot-clé aLat) est toujours égal à 1. Si certains atomes sont figés (comme définis dans le fichier d'entrée ou avec l'option -fix) alors le trio de lettres (T ou F) seront écrits en fin de ligne ; sinon elles seront simplement omises. La section "magnetisation" sera écrite seulement si les moments magnétiques (magx, magy, magz) sont définis.
atomsk mon_systeme.cfg bx
Ceci va lire le fichier mon_systeme.cfg, et le convertira vers mon_systeme.bx.
atomsk unitcell.xsf -duplicate 20 20 1 -disloc 0.5*BOX 0.5*BOX screw z y 4.2 0.33 -select out box 10 10 -INF BOX-10 BOX-10 INF -fix all above -100 x mon_systeme.bx
Ceci va lire le fichier unitcell.xsf, le dupliquer pour former une super-cellule 20x20x1, puis insérer une dislocation vis au milieu de la boîte, sélectionner les atomes qui sont à moins de 10 Å des bords de boîte, figer ces atomes, et enfin écrire la configuration finale dans le fichier mon_systeme.bx.
atomsk relaxe.bx cfg
Ceci va lire le fichier relaxe.bx, et le convertir en relaxe.cfg pour être visualisé avec Atomeye ou OVITO.