Nom : fichier Bond-Order Potential
Extension : non spécifiée (Atomsk utilise .bop)
Specification : N/A
Programmes de visualisation : aucun
En lisant un fichier au format BOP, Atomsk enregistre l'état de chaque atome (fixé ou libre) comme propriété auxiliaire (les atomes fixes sont considérés immobiles suivant X, Y et Z). Cette propriété n'est transférable que vers certains formats de fichiers (référez-vous à la liste des formats supportés).
Pour écrire un fichier au format BOP Atomsk utilise le format suivant :
----------------------------------------
A
<H(1,1)> <H(1,2)> <H(1,3)>
<H(2,1)> <H(2,2)> <H(2,3)>
<H(3,1)> <H(3,2)> <H(3,3)>
LEN
1.0 1.0 1.0
LATPAR
1.000
ND
<Nfree>
D
<x1> <y1> <z1> <species1> 0.000
<x2> <y2> <z2> <species2> 0.000
...
<xND> <yND> <zND> <speciesND> 0.000
NINERT
<Nfixed>
DINERT
<x1> <y1> <z1> <species1> 0.000
<x2> <y2> <z2> <species2> 0.000
...
<xNINERT> <yNINERT> <zNINERT> <speciesNINERT> 0.000
----------------------------------------
Les constantes (après le mot-clé LEN) seront toujours égales à 1, de même que le paramètre de maille (après LATPAR). Les atomes qui sont fixes (tels que définis dans le fichier d'origine ou par l'option -fix) apparaîtront dans la section DINERT.
atomsk mon_systeme.cfg bop
Ceci va lire le fichier mon_systeme.cfg et va le convertir en mon_systeme.bop.
atomsk unitcell.xsf -duplicate 20 20 1 -disloc 0.5*BOX 0.5*BOX screw z y 4.2 0.33 -select out box 10 10 -INF BOX-10 BOX-10 INF -fix all above -100 x mon_systeme.bop
Ceci va lire unitcell.xsf, va l'étendre pour former une super-cellule 20x20x1, puis va insérer une dislocation vis au milieu de la boîte et suivant la direction Z, puis va sélectionner les atomes qui sont proches de moins de 10 Å des bords de la boîte, va fixer les positions de ces atomes, et enfin écrira la configuration finale dans mon_systeme.bop.
atomsk relax.bop cfg
Ceci va lire le fichier relax.bop et le convertire en relax.cfg, pour être visualisé avec Atomeye.