-roll <direction> <θ> <axe>
Cette option permet d'enrouler le système, c'est-à-dire le plier pour former un arc de cercle, autour d'un axe cartésien.
Les paramètres à fournir sont les suivants :
Avec un angle égal à θ=0° le système n'est pas courbé (il n'est pas du tout transformé), tandis que θ=360° revient à enrouler le système pour former un tube ou un cylindre (voir la Fig. 1). L'axe du tube est aligné avec l'<axe> donné, et son rayon est R=(180 L)/(2πθ), où L est la longueur de la boîte dans la <direction> donnée. Prenez garde que plus l'angle θ est large, plus le rayon est petit. Pour les angles très larges il est recommandé que le système soit pseudo-2D, c'est-à-dire très fin dans le plan formé par la <direction> et l'<axe>.
Cette option modifie les dimensions de la boîte. Le long de la direction Cartésienne normale à la <direction> et à l'<axe>, la dimensio de la boîte est augmentée de R[1-cos(θ)] de sorte à contenir le système enroulé.
Notez que si vous utilisez un angle θ plus grand que 360°, alors le système fera plus d'un tour sur lui-même, ce qui peut provoquer l'enchevêtrement de certains atomes.
Si une sélection est définie (avec l'option -select) alors la transformation ne sera appliquée qu'aux atomes sélectionnés.
Fig. 1 - Illustration de l'option "-roll", avec <direction>=X et <axe>=Z. À gauche : système initial. Milieu : système courbé avec un petit angle θ. À droite : système totalement enroulé avec un angle θ=360°.
Par défaut le système n'est pas enroulé.
atomsk initial.cfg -roll X 10 Z final.xyz
Ceci va enrouler l'axe X du système autour de l'axe Z, d'un angle de 10 degrés.
atomsk unitcell.cfg -duplicate 20 20 1 -roll X 360 Y final.xyz
Cette commande va lire le fichier unitcell.cfg, dupliquer le système pour former un système pseudo-2D dans le plan XY, et enroulera la direction X de façon à former un cylindre fermé autour de l'axe Y.