-remove-doubles <distance>
-rmd <distance>
Cette option supprime les atomes en double.
Seul le premier atome ayant une position donnée est conservé. Si d'autres atomes partagent cette position ou sont situés à une distance inférieure à la <distance> donnée, ils sont supprimés. Il peut être nécessaire d'employer l'option wrap avant d'invoquer la présente option pour que la recherche de voisins donne de bons résultats.
Si <distance>=0 alors seuls les atomes situés exactement à la même position qu'un autre atome sont supprimés.
Notez que la comparaison des distances n'est effectuée que sur les noyaux atomiques. Si des coquilles sont présentes (dans le cadre d'un modèle ionique cœur-coquille), lorsqu'un cœ est supprimé sa coquille l'est aussi.
Si une sélection est définie (avec l'option -select) alors la recherche de voisins sera effectuée sur tous les atomes, mais seuls des atomes sélectionnés seront supprimés.
Par défaut les atomes en double ne sont pas supprimés.
atomsk initial.cfg -remove-doubles 0.2 final.xyz
Ceci supprimera les atomes situés à moins de 0.2 Å d'un autre atome.
atomsk --merge 2 system1.xyz system2.xyz final.xsf -rmd 0.3
Cette option peut être pratique lors plusieurs systèmes sont joints. Dans ce cas, si des atomes de deux systèmes sont trop proches, ce sont les atomes du second système qui sont supprimés.