-add-atom <espèce> at <x> <y> <z>
-add-atom <espèce> relative <indice> <x> <y> <z>
-add-atom <espèce> near <indice>
-add-atom <espèce> random <N>
Cette option permet d'insérer un ou plusieurs atomes de l'<espèce> chimique donnée dans le système.
Lorsque le mot-clé at est utilisé, l'atome est inséré exactement à la position donnée. Les positions <x>, <y>, <z> sont généralement données en Å. Il est également possible de spécifier une distance relative aux dimensions de la boîte avec le mot-clé BOX et une opération (voir cette page).
Lorsque le mot-clé relative est utilisé, le nouvel atome est placé à un vecteur (x,y,z) relativement à l'atome de l'<indice> donné.
Avec le mot-clé near <indice> (où <indice> est un entier), le nouvel atome est inséré près de l'atome possédant l'<indice> donné. Le nouvel atome sera inséré au centre du site octahédrique formé par l'atome possédant l'<indice> donné et ses trois premiers voisins.
Avec le mot-clé random <N> (où <N> est un entier), <N> nouveaux atomes sont introduits à des positions aléatoires dans le système. La position de chaque nouvel atome est d'abord décidée aléatoirement, puis ré-ajustée pour être au centre des quatre premiers voisins de cette position aléatoire. Notez que cette option tente de définir des positions au hasard, elle est donc largement non-reproductible, c-à-d. qu'en partant du même système et en appliquant cette option il est très probable d'obtenir des résultats différents.
Les nouveaux atomes seront ajoutés à la fin de la liste d'atomes, de sorte que les atomes pré-existants conservent leurs indices. Pour changer l'ordre dans lequel les atomes sont triés il est possible d'utiliser l'option -sort.
Si des propriétés auxiliaires sont définies, alors elles prendront la valeur zéro pour les nouveaux atomes, sauf la charge électrique ("q") et le "type" qui seront identiques à ceux des atomes pré-existants de la même <espèce>. Si aucun atome pré-existant n'a la même <espèce> que les nouveaux atomes, alors les nouveaux atomes auront une charge neutre (q=0) et un nouveau type sera défini.
Si les autres atomes de la même <espèce> ont des coquilles (dans le cadre d'un modèle ionique cœur-coquille), alors les nouveaux atomes sont aussi créés avec des coquilles à la même position que leurs cœur. Si les autres atomes possédaient des propriétés auxiliaires, alors les propriétés du premier atome de la même espèce sont appliquées au nouvel atome (ou aux nouveaux atomes).
Par défaut aucun nouvel atome n'est introduit.
atomsk initial.xsf -add-atom Si at 3.0 2.5 6 final.cfg
Ceci va lire le fichier initial.xsf, ajouter un nouvel atome de silicium à la position (3.0,2.5,6), et écrira le résultat dans le fichier final.cfg.
atomsk initial.xsf -add-atom Si at 0.25*box 0.33*box 0.5*box final.cfg
Ceci va ajouter un atome de silicium avec les coordonnées réduites (0.25,0.33,0.5).
atomsk initial.xsf -add-atom Fe near 3815 final.cfg
Ceci va ajouter un atome de fer près de l'atome #3815. Le nouvel atome sera placé dans un site tétrahédrique formé par l'atome # et ses trois plus proches voisins.
atomsk initial.xsf -add-atom C random 25 final.cfg
Ceci va ajouter 25 nouveaux atomes de carbone à des positions aléatoires dans le système.