atomsk --match-id <fichier1> <fichier2> [options] [<fichier sortie>] [<formats>]
Ce mode lit deux fichiers, et essaye de trier les atomes du <fichier2> dans le même ordre que ceux du <fichier1>. Les deux fichiers peuvent être dans des formats différents, tant que ces formats sont pris en charge par Atomsk. Les deux fichiers devraient correspondre au même type de système (mêmes types d'atomes, même réseau cristallin, etc.) pour que le calcul ait du sens.
Si les deux fichiers contiennent exactement le même nombre d'atomes, alors Atomsk crée des paires uniques d'atomes entre le <fichier1> et le <fichier2>.
Si les deux fichiers ne contiennent pas le même nombre d'atomes, alors les atomes du <fichier1> sont appairés à ceux du <fichier2> de façon injective, c'est-à-dire que chaque atome du <fichier1> n'est appairé au maximum qu'à un seul atome du <fichier2>. Si le <fichier1> contient le moins d'atomes, alors certains atomes du <fichier2> ne seront pas appairés, et ils apparaîtront à la fin dans le fichier final. Atomsk crée alors une nouvelle propriété auxiliaire appelée "new_atoms" ("atomes nouveaux"), qui vaut zéro pour les atomes appairés, et 1 pour les atomes qui n'ont pas d'équivalent dans le <fichier1> (autrement dit, les atomes qui ont été ajoutés entre le <fichier1> et le <fichier2>). Si le <fichier1> contient le plus d'atomes, alors tous les atomes du <fichier2> devraient être appairés et triés. Le fichier final contiendra autant d'atomes que le <fichier2>.
Si des coquilles (dans le cadre d'un modèle ionique cœur-coquille) et/ou des propriétés auxiliaires existent dans le <fichier2>, alors elles sont aussi triées de façon à ce que chaque atome conserve ses propriétés.
Si ce mode est appelé avec des options, alors ces options seront appliquées au système final après que les atomes auront été triés.
atomsk --matchid config1.cfg config2.xsf final.cfg
Ceci va lire config1.cfg et config2.xsf, et triera les atomes de config2.xsf pour qu'ils apparaissent dans le même ordre que les atomes dans config1.cfg. Le résultat final sera écrit da,s final.cfg.