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Mode : liste

Syntaxe

atomsk --list <fichierliste> [<formats>] [options]

Description

Dans ce mode, Atomsk convertit une liste de fichiers. Ceci est pratique pour convertir un grand nombre de fichiers, par ex. les images d'une simulation en dynamique moléculaire.

Le fichier <fichierliste> est un fichier texte devant contenir le nom des fichiers à convertir. Une façon simple et rapide de créer un tel fichier liste est d'utiliser la commande "ls" pour lister le contenu d'un dossier, et d'en rediriger la sortie vers un fichier liste avec le symbole ">". Par exemple :

ls * > liste.lst

Le fichier <fichierliste> doit répondre aux spécifications suivantes :

• les lignes vides, et celles commençant par le symbole # sont ignorées (ceci peut être utilisé pour écrire des commentaires).
• une ligne du type all <format> active le format de sortie <format> pour tous les fichiers suivants.
• une ligne contenant un nom de fichier activera la conversion de ce fichier vers tous les formats de sortie actifs. Si le fichier d'entrée n'est pas trouvé, alors le programme affiche une alerte et continue avec le nom de fichier suivant.
• si un format est spécifié après un nom de fichier, alors ce fichier sera converti dans ce format (en plus des autres formats actifs). Ceci ne s'applique qu'à ce fichier.

Par conséquent, le <fichierliste> minimal ne contient qu'un seul nom de fichier. L'extension recommandée (mais pas obligatoire) pour les fichiers liste est .lst.

Le(s) format(s) de sortie peut (peuvent) être spécifié(s) de différentes manières (voir aussi la liste des formats supportés):

• dans la ligne de coommande, un ou plusieurs formats de sortie peuvent être spécifiés.
• dans le <fichierliste> avec le mot-clé all <format>.
• dans le <fichierliste>, après le nom de chaque fichier, un <format> peut être spécifié.

Les noms des fichiers de sortie seront construits d'après les noms des fichiers d'entrée, en leur associant l'extension du (des) format(s) de sortie actif(s).

Si vous utilisez ce mode avec une ou plusieurs options, alors elles seront appliquées à chacun des fichiers convertis.

Exemples

• atomsk --list maliste.lst cfg

  Ceci convertira tous les fichiers dont les noms apparaissent dans maliste.lst vers le format CFG.

• atomsk --list maliste.lst xyz cfg xsf

  Ceci convertira tous les fichiers dont les noms apparaissent dans fichierliste.lst vers les formats XYZ, CFG et XSF.

• ls *lmc >liste.lst && atomsk -L liste.lst xyz cfg

  Ceci listera tous les fichiers au format personnalisé de LAMMPS (LMC) du dossier courant, et les convertira aux formats XYZ et CFG.

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