Par défaut, Atomsk essaye d'être poli : il demande avant d'écraser des fichiers, et essaye de ne pas noyer l'utilisateur avec des informations inutiles. Il est possible de modifier ce comportement grâce aux options en ligne de commande ci-dessous, ou en éditant un fichier de configuration.
Ces options s'appliqueront tout au long de l'exécution du programme si elles sont invoquées dans la ligne de commandes.