-unskew
Cette option permet de "détordre" la boîte, c'est-à-dire qu'elle modifie les vecteurs de boîte s'ils forment un angle trop grand. La boîte résultante est équivalente à la boîte initiale, mais elle apparaît moins inclinée.
Soient les vecteurs de boîte suivants :
| H(1,1) H(1,2) H(1,3) |
| H(2,1) H(2,2) H(2,3) |
| H(3,1) H(3,2) H(3,3) |
Si un élément non-diagonal a une valeur supérieure à son composant principal alors la boîte est considérée comme "tordue". Par exemple, si |H(2,1)|>0.5*H(1,1), alors cette option ajoute ou soustrait H(1,1) jusqu'à ce que ce ne soit plus le cas.
Notez que les coordonnées (cartésiennes) des atomes ne sont pas modifiées par cette option, certains atomes peuvent donc se retrouver à l'extérieur de la nouvelle boîte. Pour les replacer à l'intérieur de la boîte il est possible d'utiliser l'option -wrap.
Cette option est surtout utile lors de la production de fichiers de données LAMMPS, qui requièrent que la boîte ne soit pas trop inclinée. Il est recommandé d'utiliser l'option -alignx avant l'option -unskew.
Par défaut la boîte n'est pas détordue.
atomsk system.xsf -alignx -unskew -wrap lmp
Ceci lira le fichier system.xsf, tournera le système pour aligner le premier vecteur de boîte avec l'axe X, détordra la boîte, replacera les atomes dans la boîte, et écrira le résultat final dans le fichier de données de LAMMPS system.lmp.