-substitute <espèce1> <espèce2>
Cette option permet de substituer les atomes d'une <espèce1> par des atomes d'une <espèce2>.
L'<espèce1> et l'<espèce2> peuvent être donnés par leur symbole chimique ou par leur numéro atomique.
Si une sélection est définie (avec l'option -select) alors seuls les atomes sélectionnés seront substitués.
Par défaut aucun atome n'est substitué.
atomsk sto.cfg -substitute 38 56 bto.xsf
Ceci va lire le fichier sto.cfg, remplacer tous les atomes de strontium (numéro atomique 38) par des atomes de barium (numéro atomique 56), et écrire le résultat final dans bto.xsf.
atomsk initial.cfg -sub Fe W final.xyz
Ceci va lire initial.cfg, substituter les atomes de fer (Fe) par du tungstène (W), et écrire le résultat dans final.xyz.
atomsk initial.lmc -sub 1 Si -sub 2 C final.xyz
Cette option peut aussi être utile lors de la conversion de fichiers employant des "types" d'atomes (1, 2, 3...) au lieu de numéros atomiques, comme les fichiers de LAMMPS (lmc). La commande ci-dessus remplacera les atomes de type 1 par du silicium (Si), et ceux de type 2 par du carbone (C).