-separate <distance> <décalage>
Cette option sépare les atomes qui sont trop proches les uns des autres.
Lorsque la distance séparant deux atomes est plus petite que la <distance> spécifiée, chacun est séparé de l'autre du <décalage> donné. Le décalage se fait suivant la même direction que le vecteur joignant les deux atomes.
Si les deux atomes ont exactement la même position (donc, si le vecteur les joignant est nul), alors les deux atomes sont déplacés suivant la direction Cartésienne [1,1,1] (notez que cela n'a rien à voir avec l'orientation du cristal).
La comparaison des distances n'est effectuée que sur les noyaux atomiques. Si des coquilles sont présentes (dans le cadre d'un modèle ionique cœur-coquille), alors les coquilles sont déplacées du même vecteur que les cœurs.
Si une sélection est définie (avec l'option -select) alors la recherche de voisins sera effectuée sur tous les atomes, mais seuls des atomes sélectionnés seront déplacés.
Par défaut les atomes ne sont pas séparés.
atomsk initial.cfg -separate 0.5 0.2 final.xyz
Ceci va détecter les paires d'atomes séparées de moins de 0,5 Å, et éloignera chaque atome de 0.2 Å de son voisin.