-disturb <dmax>
-disturb <dx> <dy> <dz>
Cette option applique un vecteur de translation aléatoire à chaque atome. Si une seule valeur <dmax> est donnée, elle correspond au maximum de la norme du vecteur de déplacement. Si trois valeurs <dx>, <dy>, <dz> sont données, alors elles correspondent au déplacement maximal suivant chaque direction cartésienne.
Les déplacements appliqués suivent une loi normale de distribution. Ils sont ajustés de sorte qu'il n'y a pas de translation globale du système.
Notez que cette option tente de générer des déplacements aléatoires suivant les axes cartésiens X, Y et Z, elle est donc largement non-reproductible, c-à-d. qu'en partant du même système et en appliquant cette option il est très probable d'obtenir des résultats différents.
Après avoir appliqué cette option certains atomes peuvent se retrouver en dehors de la boîte de simulation, ce qui peut être corrigé grâce à l'option -wrap.
Si certains atomes ont des coquilles (dans le cadre d'un modèle ionique cœur-coquille), alors les cœurs et coquilles sont translatées du même vecteur.
Si une sélection est définie (avec l'option -select) alors cette perturbation ne sera appliquée qu'aux atomes sélectionnés.
Par défaut les positions des atomes ne sont pas altérées.
atomsk relax.xsf -disturb 1.0 perturbe.cfg
Cette commande va lire le fichier relax.xsf et appliquera une translation aléatoire des atomes, d'un maximum de 1 Å suivant chaque axe. Les nouvelles positions seront écrites dans le fichier perturbe.cfg.
atomsk initial.xsf -disturb 250.0 -wrap amorphe.cfg
Ceci va lire le fichier initial.xsf et déplacera les atomes d'un maximum de 250 Å. Puis les atomes ayant quitté la boîte seront replacés dans la boîte. Les positions finales seront écrites dans le fichier amorphe.cfg.
atomsk relaxed.xsf -disturb 1.2 1.2 0 perturbe.cfg
Ceci va lire le fichier initial.xsf et déplacera les atomes d'un maximum de 1.2 Å suivant X et Y. Les atomes ne seront pas déplacés selon Z. Les positions finales seront écrites dans le fichier perturbe.cfg.