Nom : format de la Protein Data Bank (PDB)
Extension : .pdb
Spécification: site Web de la Protein Data Bank
Programmes de visualisation : Jmol, OVITO, RasMol, VMD, VESTA
Le format PDB est un standard pour la représentation de composés organiques (et non-organiques) dont la structure a été déterminée expérimentalement. Il est donc conçu pour contenir de nombreuses informations sur les détails de l'expérience, la référence de l'article publié, le nom et l'affiliation des auteurs, etc.
Lorsqu'il lit un fichier PDB, Atomsk enregistre les lignes EXPDTA, AUTHORS... comme commentaires. Ces lignes apparaîtront donc comme des commentaires dans les autres formats de fichiers, ou seront ré-utilisées si le fichier de sortie est au format PDB. Toutes les positions des atomes (contenues dans les lignes commençant par ATOM ou HETATM) sont lues par Atomsk. L'occupation et la charge de chaque atome sont enregistrées comme propriétés auxiliaires si elles existent dans le fichier PDB.
Atomsk peut écrire des fichiers au format PDB. Cependant puisque Atomsk n'est pas conçu pour traiter des données expérimentales, seul un brouillon sera produit, contenant une ligne commençant par CAVEAT pour indiquer que le fichier produit n'est pas pleinement compatible avec le standard PDB. Ce brouillon devra être édité pour ajouter les données requises par le standard PDB.