Atomsk

Atom/Molecule/Material Software Kit

Contenu :

Licence - À lire en premier !
Aperçu - Démarrage rapide
Exemples
Compilation et installation
Formats de fichiers supportés
Options
- add-atom - Insérer un ou plusieurs nouveaux atomes
- add-shells - Créer des coquilles pour certains atomes
- alignx - Aligner le premier vecteur de boîte avec l'axe X
- bind-shells - Re-associer les coquilles avec leur cœur
- cell - Modifier les vecteurs de boîte
- center - Translater le système au centre de la boîte
- crack - Insérer une fissure dans le système
- cut - Supprimer une partie du système
- deform - Appliquer une déformation uniaxiale ou un cisaillement
- dislocation - Insérer une dislocation dans le système
- disturb - Perturber les positions des atomes aléatoirement
- duplicate - Dupliquer le système, construire des super-cellules
- fix - Fixer les coordonnées de certains atomes
- fractional - Convertir en coordonnées réduites
- mirror - Appliquer une transformation miroir
- options - Appliquer les options écrites dans un fichier
- orient - Changer l'orientation crystallographique
- orthogonal-cell - Trouver une boîte orthogonale équivalente
- properties - Définir des propriétés du système
- rebox - Tente de déterminer les vecteur de boîte
- reduce-cell - Essaye de réduire la taille du système
- remove-atom - Supprimer un ou plusieurs atomes
- remove-doubles - Supprimer les atomes en double
- remove-property - Supprimer une ou plusieurs propriétés auxiliaires
- remove-shells - Supprimer les coquilles sur certains ions
- roll - Plier ou enrouler le système autour d'un axe
- rotate - Tourner le système autour d'un axe
- round-off - Arrondir les coordonnées ou une propriété auxiliaire
- select - Sélectionner les atomes à l'intérieur ou à l'extérieur d'une région
- separate - Sépare les atomes qui sont trop proches
- shift - Translater une partie du système
- sort - Changer l'ordre dans lequel les atomes sont rangés
- spacegroup - Appliquer les symétries d'un groupe d'espace
- stress - Appliquer une contrainte au système
- substitute - Remplacer des atomes par d'autres atomes
- swap - Échanger deux atomes, deux axes, ou deux propriétés
- torsion - Appliquer une torsion le long d'un axe
- unit - Changer de système d'unités
- unskew - Réduire le cisaillement de la boîte
- velocity - Générer une distribution de vitesses de Maxwell-Boltzmann
- wrap - Remballer les atomes dans la boîte
Modes (cliquez pour en voir davantage)
- Average - Moyenner les positions atomiques de plusieurs configurations
- Copy-Properties - Copier les propriétés d'un systèem à un autre
- Create - Créer un système à partir de rien
- ddplot - Créer un fichier pour visualisation avec le programme ddplot
- Gather - Rassembler plusieurs fichiers vers un seul contenant toutes les configurations
- Liste - Convertir tous les fichiers d'une liste
- Help - Afficher l'aide
- Interactive - Manipuler des systèmes interactivement ou avec des scripts
- Interpolate - Interpoler les positions des atomes entre deux configurations
- Match-ID - Trouver des atomes équivalents entre deux systèmes
- Merge - Joindre deux ou plusieurs systèmes en un seul
- Normal - Convertir un fichier vers un ou plusieurs formats
- Polycrystal - Créer un polycristal avec la méthode de Voronoi
- Unfold - Décomposer un fichier contenant plusieurs systèmes vers plusieurs fichiers
- Unwrap - Déballer les coordonnées atomiques
Comportement du programme
- ignore - Toujours ignorer les fichiers existants
- language - Définir la langue des messages
- logfile - Définir le nom du fichier journal
- nthreads - Définir le nombre de processus parallèles OpenMP
- overwrite - Toujours écraser les fichiers existants
- verbosity - Définir le niveau de verbosité
Outils
Remerciements
FAQ - Questions fréquentes
Informations pour les développeurs
Contact
Autres programmes utiles